Wyróżniamy dwie metody pipetowania: standardowa (zwana również normalną) oraz odwrócona (nazywana także pipetowaniem różnicowym).
Wszystkie pipety automatyczne działają podobnie. Po naciśnięciu przycisku w pipecie automatycznej, odczuwamy dwa opory, które określają położenie tłoka. Poprawne przesunięcie tłoka powoduje ssanie płynu. Tłoki w pipetach posiadają specjalne uszczelki, które zapobiegają wyciekowi przeprowadzanego płynu.